Mustamäel on alati olnud jalgpallureid, kes kaitsesid väärikalt Metropoli värve.  Akadeemia koondab linnaosa ja ka linna noori mängijaid ühtsesse gruppi, kus osalevad nii õpingutel kui ka treeningutel koos.

FCM Akadeemia eesmärk on kasvatada klubi põhimeeskonnas mängimiseks väärilisi jalgpallureid ning haritud inimesi, kes austavad oma klubi traditsioone.

Akadeemia väärtushinnangud põhinevad teadmistel ja professionaalsusel, klubile pühendumisel ning lojaalsusel selle traditsioonidele.

Akadeemia meeskonnad julgustavad agressiivset ja suurejoonelist jalgpalli.